首先，自助建站最大的弊端：不利于网页优化，不能很好地推广
而且，用自助建站平台做的网站，选择了平台后，很难更换其他平台，所有的信息都是放在这个平台上，日后不在原来购买的平台上续费就无法使用。不能将数据转移，不开放源代码，完全是一个闭源的程序。这对企业而言，网站内容的所有权与安全性是存在风险的。
（某自助建站平台广告）
自助建站的局限性很大，虽然有其集成的所谓1000多个模板可以选择，但你真的去选择了你会发现，都是大同小异的模板（很多种模板只是颜色不同而已），还有你会发现多数自助建站的系统其集成的模板样式老掉，给人一种过时、封闭小家子气的感觉。
而手工建站自由度高、版面可以自由发挥，容易制作出个性化的网站。假如你非常欣赏某一网站的风格，也可以拿来参照并改进，制作出更佳的网站，即使是使用模板建站，也有几千套完全不同的模板可供选择。
自助建站唯一的好处，就是这里点点鼠标，那里敲敲键盘，然后诸如表单、搜索、网站地图、留言薄、日历等等之类网站构成的诸多基本元素就表现出来了。而且，许多主机服务提供商不仅将自助建站工具与域名主机服务捆绑，还往往与网站推广、Email营销、搜索引擎优化和流量统计等后继推广工作都连带打包销售，从网站运营过程来看，一个很吸引人的地方就是长期成本较低，打包费用为了促销逐年递减，而且不用每年再分别交纳域名、主机、推广等费用，因此，自助建站的相对低成本进入也是吸引客户的一个重要原因。
自助建站缺乏设计和布局上的灵活性，再就是网站的所有权不在自己手中，企业只有使用权，并没有拥有权。比如，如果一个模版是顶端一条轮播广告，左边一条垂直菜单，而你想让导航条放在顶端，下边再放轮播广告，这个模版就没法提供这样的选择。因此，自助建站的样式只能按照系统模板的样式，可扩展性几乎为零，且没有个性化可言。
某些自助建站系统还在你的网站上显示他们的品牌信息，免费自助建站尤其如此。如果你的网站是商业网站，最好不要使用这种免费工具。
相对于自助建站低成本建站，我们更推荐手工模板建站，自助建站虽说前期试用可能是免费的，但是后续的收费那是高得离谱，以国内最大的某自助建站平台来说，后期续费价格在1500左右，而且是最基础版。而手工模板建站，单次付费几百元后，就没有其他费用了，每年定期续费域名空间即可，大约400元左右，这样一对比，企业如果是像长期运营网站的话，还是手工建站比较划算，千万不能因为自助建站初期的一点甜头而因小失大。
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